1995年8月换代的第二代Cynos，继承了第一代的底盘与车身结构，因此在同为2380mm轴距下获得4155×1660×1295mm的车身尺寸，长度与宽度与第一代相同。车型依旧分为α与β两级，但这次α与β的动力系统差异显著：α搭载代号4E-FE的1331cc直列四缸DOHC自吸发动机（88hp、11.8kgm），β则采用代号5E-FHE的1496cc DOHC直列四缸自吸发动机（110hp、13.9kgm）。1.3L车型配置四速手动和三速手动两种变速箱，1.5L则提供四速自动和五速手动两种选择。两种级别的车型吸引了不同群体，α主要吸引女性用户，β则受到初入社会的新人与老年人的喜爱。

虽然第二代Cynos和第一代造型非常相似，但线条更加圆润，同时保留了既有的跑车风格，这主要是丰田希望能够吸引更多女性和年轻男性消费者。内饰方面则与Tercel系列共用，全车玻璃具备UV-Cut防紫外线功能，电动窗为1.5L车型的标准配置，CD音响主机则列为全系选配。为强调轻量化与高经济性，α与β的车身重量分别为870公斤和920公斤，平均油耗方面，1.3L车型为19.2km/L，1.5L则为15.8km/L。

1996年8月在日本推出敞篷车型，提供1.3L与1.5L两种动力选择。与Celica敞篷相同，由于是从双门车型改装而来，由美国敞篷厂商ASC负责设计改装。生产过程中，丰田先将Cynos车壳运至美国，由ASC切除车顶与B、C两柱结构，并加强A柱，然后运回日本组装，因此成本远高于双门版本。考虑到敞篷车型对安全性的更高要求，丰田将Cynos敞篷设定为"安全配备全系标准化"的特殊车型，ABS和SRS双气囊均为标准配置，这在当时堪称创举。另外，虽然敞篷为手动控制，但后窗却采用玻璃材质，并配有除雾功能。由于增加敞篷结构，Cynos敞篷从原本双门的四座设计变为2+2座椅布局。

1997年进行小改款，将晶钻大灯、GOA车身列为标准配置，不仅提升了外观，安全系数也符合时代需求。同时为满足性能爱好者的需求，特别将1.3L车型与五速手动变速系统搭配，提高了Cynos的商品价值。

1999年，由于双门车型逐渐冷门，Cynos在产品末期每月在日本市场仅销售200辆。随着丰田新一代战略车型Vitz/Platz的问世，与Tercel、Corolla II、Starlet共同生产的双门车Cynos就此退出历史舞台。从诞生到停产，Cynos一直被视为"平民跑车"，正是这种经济实惠的双门车型，满足了预算有限买家的愿望。